Mikroskopy konfokalne charakteryzują się zwiększonym kontrastem i lepszą rozdzielczością w porównaniu do klasycznych mikroskopów świetlnych. Wynika to z faktu, iż jedynie światło odbite od fragmentów badanej powierzchni, znajdujących się w odległości ogniskowej danego obiektywu, trafia do detektora. Reszta światła jest wycinana przy pomocy przesłony z niewielkim otworem (tzw. pinhole) umieszczonej przed detektorem.
Metoda ta jest wykorzystywana w niektórych profilometrach optycznych takich jak Leica DCM8. Badana powierzchnia skanowana jest w poziomie przy użyciu np. programowalnego mikrowyświetlacza oraz w pionie dzięki pionowemu przesuwowi głowicy z obiektywem. Obrazy pojedynczych płaszczyzn ostrości są następnie składane w trójwymiarową reprezentację badanej powierzchni (obraz 3D) o bardzo wysokiej rozdzielczości poprzecznej (nawet 140 nm) i pionowej (nawet 1 nm).