Podczas trawienia wiązką jonów IBE (ang. Ion Beam Etching) elektrony emitowane z termokatody wykonują po torach spiralnych ruchy na skutek obecności pola magnetycznego. W wyniku zderzeń z atomami gazu roboczego jonizują je i tym samym powodują powstanie plazmy. Aby nie dopuścić do elektrostatycznego ładowania się powierzchni trawionej (mogłoby to spowodować zahamowanie procesu trawienia w przypadku dielektryków),  jak również zniwelować tendencje jonów do rozbiegania się w wiązce, na ich drodze ustawiona jest druga termokatoda, która emituje chmurę niskoenergetycznych elektronów.

Płytki mocowane są na podstawie suportu którego oś montowana jest pod pewnym kątem do kierunku wiązki. Dzięki tym zabiegom skuteczność trawienia jest zwiększona oraz zmniejszone jest prawdopodobieństwo zanieczyszczenia jednej płytki materiałem z drugiej.

Trawienie wiązką jonową można przeprowadzać na dwa sposoby: stosując jony obojętne, lub stosując RIBE do reaktywnych jonów  w celu przyspieszenia trawienia materiału.