W trakcie standardowego użytkowania mikroskopów dochodzi do gromadzenia się na nich zanieczyszczeń i kurzu. Co więcej, kurz pojawia się, nawet jeśli urządzenie nie jest używane. Warto więc dbać o sprzęt i regularnie wykonywać czyszczenie mikroskopu. Do czynności pielęgnacyjnych i ochronnych, które powinien podejmować każdy użytkownik, zaliczane jest stosowanie akcesoriów ochronnych zapobiegających osiadaniu kurzu, usuwanie kurzu za pomocą gumowej gruszki i miękkiego pędzelka oraz przecieranie i dezynfekowanie ramy i okularów przeznaczoną do tego celu ściereczką.
Nawet dokładne usuwanie widocznych zabrudzeń z mikroskopu po każdym użyciu to za mało. Sprzęt powinien być regularnie poddawany konserwacji i czyszczeniu w specjalistycznych serwisach. Dzięki temu praca z urządzeniem jest o wiele bardziej komfortowa. Czysty mikroskop zapewnia prawidłowe odczyty i wyraźne obrazowanie. Zabrudzenia mogą powodować zmniejszony przepływ światła i pojawianie się cieni na obrazie. Odpowiednie przechowywanie i regularne czyszczenie mikroskopu pozytywnie wpływa również na długość jego użytkowania.
Najczęściej występujące zabrudzenia na mikroskopie to kurz, cząstki naskórka, kłaczki z ubrań, a także pył szklany, resztki olejków immersyjnych i nieodpowiednich preparatów czyszczących. Wiedza, w jaki sposób skutecznie je usunąć pozwala nie tylko dobrze wyczyścić sprzęt, ale także uniknąć uszkodzeń jego delikatnych elementów. Do czyszczenia optyki stosuje się watę bawełnianą lub specjalne, przeznaczone do tego celu chusteczki. Zabrudzenia rozpuszczalne w wodzie usuwane są wodą destylowaną lub roztworem wody z płynem do mycia naczyń. W przypadku uporczywych, oleistych zabrudzeń wykorzystywany jest rozpuszczalnik.
Konserwacja urządzenia to również przegląd elementów mechanicznych. Częste użytkowanie mikroskopu sprawia, że smary z czasem wycierają się, a nieużywanie urządzenia z kolei prowadzi do ich tężenia. Utrudnia to pracę wszelkich pokręteł i śrub. W czasie serwisu mikroskopu smary są uzupełniane lub wymieniane. Dzięki temu wszystkie łożyska i zębatki działają bez znacznego oporu. To ważne, ponieważ używanie nienasmarowanych elementów ślizgowych może prowadzić do uszkodzeń mechanizmu i zmuszać do realizacji kosztownych napraw.